Los habitantes del sector El Terrenal, del municipio de Boavita-Boyacá, al no contar con el servicio de acueducto, utilizan las aguas del río Chicamocha, para la preparación de sus alimentos, limpieza y aseo personal. El objetivo de este estudio fue evaluar bacterias y protozoos presentes en el cuerpo de agua del río Chicamocha, a través de un análisis cuantitativo de riesgo microbiológico (ACRM). Para el desarrollo del trabajo, se realizaron cuatro muestreos, de abril a junio de 2016, en los márgenes y centro del río y un quinto muestreo de agua tratada con la planta Opuntia ficus-indica (Tuno). Se realizó el método de recuento en placa, usándose medios selectivos y diferenciales para el aislamiento de Escherichia coli, Salmonella, Enterococcus y la técnica de MacMaster, para la determinación de parásitos gastrointestinales (PGI). Para el análisis de la información, se emplearon los estadísticos no paramétricos de Kruskall-Wallis y U-Mann Whitney. Se determinó que, al menos, un lugar de muestreo es estadísticamente diferente a otro para Enterococcus faecium (P= 0,000) y los ooquistes de Entamoeba histolytica (P= 0,000). Por el contrario, para Escherichia coli no se observaron diferencias significativas entre las zonas, pero sí al menos una fecha de muestreo fue estadísticamente diferente (P= 0,026) a otra. En el agua tratada, se observó una disminución de los ooquistes de E. histolytica y un aumento en el porcentaje de E. faecium (P= 0,035).