En el departamento de Boyacá, se siembran semillas de Chenopodium quinoa Willd., las cuales, corresponden a una mezcla de variedades, produciendo diferentes concentraciones de saponina y de tamaños de grano, afectando la calidad y el rendimiento de los productos derivados y, por tanto, su comercialización, toda vez que el comprador lo requiere para un determinado fin, como variedades dulces, para las panaderías o, con altos contenidos de saponina, para la industria de detergentes. El objetivo fue comparar los caracteres morfológicos, para identificar las seis variedades, de acuerdo con las características constantes y conspicuas, además de parámetros fisiológicos en etapa reproductiva y vegetativa. Se realizaron observaciones en las diferentes etapas del desarrollo; en semillas, se hicieron pruebas de germinación, se midió el diámetro y el peso; en el estadio de plántula, se determinó la altura total, longitud del hipocótilo, largo de la lámina de los cotiledones y cambios en la pigmentación rojiza, evaluada cualitativamente por observación directa. En plantas adultas, se revisaron caracteres reproductivos y vegetativos. Se propuso una clave taxonómica, para la identificación de las variedades. Blanca Real registró el porcentaje de germinación más alto (98%). Amarilla Maranganí presentó las semillas con el mayor peso y diámetro y los cotiledones más largos. La altura de las plántulas Negra y Piartal estuvo por debajo de las otras variedades. Blanca de Jericó, Blanca Real y Piartal presentaron coloraciones rojizas débiles en el hipocótilo y en los cotiledones. La identificación de cada variedad redundará en mejores productos para los cultivadores, comercializadores y procesadores.